有些樣品嚴重干擾鱟試驗生化反應，甚至使反應不能進行。這就需要采用特殊方法對樣品進行預處理。
1 稀釋法
相當大一部分樣品的干擾因素在一定濃度下才起作用，把樣品適量稀釋后即可按常規(guī)方法測定。如甘露醇、慶大霉素、人血白蛋白、肝素鈉和維生素C等注射液等。
2 加熱法
有些干擾因素為不耐熱的物質，將樣品在適當溫度下保溫一段時間，即可按常規(guī)方法測定。如某些血液制品和生物藥品等。
3 調整pH值法
有些樣品PH值偏高或偏低，且鱟試劑中pH緩沖劑不能將反應液調整至正常范圍。這時可用預先處理并已確認無菌無熱原的鹽酸或氫氧化鈉液調整樣品液pH。然后按常規(guī)方法測定，如氨基酸注射液。
4 超濾─反沖法
一般中草藥注射液成份復雜，干擾因素較多，難以用普通方法加以消除，即可用超濾法。取樣品適量，進行超濾，樣品藥液全部壓濾通過濾膜，內毒素被阻濾在超濾膜片上，再取少量無熱原水沖洗濾器、濾膜。卸開濾器，將超濾膜反向放置濾器上，嚴密固定。再用無熱原水將內毒素從超濾膜上沖至一量瓶中，精密加水至刻度。沖洗液按常規(guī)方法測定。
5 固體樣品
若固體樣品為可溶性物質，用無熱原水溶解，按上述方法進行干擾樣品試驗。
手術器械、一次性輸液器等固體物品的內毒素測定，用適量無熱原水按規(guī)定方法浸泡或沖洗即可。內毒素的水溶性較大，器具內表面或外表面的內毒素經適當時間、適當溫度浸泡或沖洗，即可溶入液體，按常規(guī)方法測定。
對于復雜樣品還需將上述各法聯(lián)合應用。但不管單獨用其一法，或二法、三法聯(lián)用，在操作過程中均有可能出現(xiàn)抑制或增敏等干擾作用，使測定濃度高于或低于實際濃度，這時必須做回收率實驗，并根據(jù)測得的回收率求算內毒素的實際值。